长期以来，农村信用社在法人治理结构上的缺陷，导致官办色彩浓厚，内部人控制严重，管理混乱，风险增大。成为影响和制约着农村信用社发展的一个瓶颈。建立现代企业制度，加快农村信用社法人治理结构的改造步伐，是当前亟待研究的一大课题。本文就农村信用社法人治理结构的缺陷与改造作一探索。
一、目前农村信用社法人治理结构的缺陷
我国农村信用社的法人治理结构是在按照《公司法》、《商业银行法》的基础上通过制订《农村信用合作社章程》来形成的。它的运行模式是：设立社员代表大会，作为信用社的最高权力机构，理事会是其执行机构，信用社主任由理事会提名报上级批准后由理事会聘任。理事长可以兼任信用社主任；设立监事会，负责监督信用社的经营管理和各管理层的行为等。这种法人治理结构的根本缺陷在于缺乏权力制衡机制，而法治与权力制衡是现代企业制度的灵魂。
社员代表大会是最高权力机构，三年一届，一年一会，负责选举理、监事会，审议主任的工作报告，讨论信用社重大决策等等。理事会和监事会全体成员由社员代表大会选举产生，对社员代表大会负责，但社员代表大会又由理事会主持召开，这是一个自相矛盾程序：自己主持召开会议选举自己，选监督自己的机构，审议自己的工作报告，一切环节都可以按照自己的意图来控制达到预定的目标。在理事会如果不对社员代表大会负责，监事会的监督也失灵的情况下，谁来处理这种尴尬局面呢。在理事会、监事会、社主任三个机构的关系上，究竟是层层隶属，还是彼此制约?这是设计信用社组织结构的一个根本性问题。信用社主任在业务经营中处于中心地位，信用社主任由理事会提名和聘任，而且理事长可以兼任信用社主任，这就把理事会和信用社主任都置于同一个人的控制之下。社员代表大会是最高权力机构，这当然不可否定，但作为社员代表大会执行机构的理事会毕竟不同于社员代表大会本身，由于存在着委托一代理关系，尤其是理事会主持召开社员代表大会选举自己，完全有可能凌驾于社员代表大会之上，把社员代表大会这个名义上的最高权力机构当作实现自己目的的工具。再从监事会作用看，由于没有常设机构，没有对理事会成员和社主任弹劾权，没有建立完善的监事会工作程序和保障制度，因而监事会也就成为理事长(社主任)一人专权的摆饰。这种制度为个人独断专行，侵占信用社利益，损害社员权益大开方便之门。从另一方面看，理事会理事长兼任信用社主任这一规定，将理事会、社主任的权力集中于一身，从而形成了一种难以制约的权力。在这种情况下，社员代表大会在事实上成为傀儡，还有什么“最高权力”呢?加上现行监事会制度形同虚设，使其在实践中已演变为现代企业制度中的一种高级“点缀”，他们非但不能发挥自己的作用，反而唯社主任(理事长)的“马首”是瞻，在这种情况下，信用社的最高权力机构，实际上不是社员代表大会，而是理事会，说到底，是理事长与社主任一肩挑的同一个人。从历史上看这种高度集中的权力对信用社的危害极大，这是由于缺少有效的监督制约机制所造成的。因此，如何与国际惯例接轨，按照法治与制衡的精神重新设置信用社法人治理结构，合理配置理事会、监事会、社主任的权力，这是当前农村信用社改革中的一个重大任务。
二、农村信用社法人治理结构改造
农村信用社法人治理结构的弊端，主要源于旧体制，也是信用社官办形式下的产物。由于法制建设滞后，农村信用社法人治理结构的缺陷长期得不到纠正，成为农村信用社发展的障碍。因此，要从制度建设着手，通过变革与创新来解决农村信用社的法人治理结构问题。
1．要根据农村信用社的合作制特点，尽快制订《合作金融法》，以法律形式将法人治理结构固定下来。各社在法律规定的范围内制订章程，规范社员代表大会、理事会、监事会和社主任制度。使信用社的各个职能部门依法运转。
2．改革社员代表大会制度。社员代表大会要独立行使职权。他包括，社员代表名额分配，组织选举，代表资格审查，召开社员代表大会，选举大会主席团，选举理、监事会成员，任命理、监事会主任、副主任，审议理监事会工作报告，接受和处理社员代表议案。审批理、监事会的报酬、利润分配，入股退股，新增业务项目，修改章程，发布决议等。专门设立社员代表大会的常设机构(常务委员会或主任委员会)，负责代表大会闭会期间的事务处理。
3．扩大理事会的职权。理事会要真正对社员代表大会负责，主要负责经营决策和管理活动。其职权有：招解聘信用社主任、副主任、财务、信贷管理人员；负责员工的行为规范管理，人事管理、劳资管理；制订业务发展的年度计划和任期计划；制订有关业务财务操作规范和制度。
4．严格禁止理事会主任(理事长)、信用社主任由一人担任，理事长应为信用社的法定代表人，报人民银行资格审查同意。
5．建立名符其实的监事会制度。为了充分发挥监事会的作用，首先要专门设立日常办事机构，不能搞“半脱产”和“业余”活动。其次，赋予监事会更大的权力，包括对信用社业务和财务的审计权，对管理层和员工行为的监察权，对理事会全体成员的弹劾权，对理事长、信用社主任重大决策的否决权，提议召开社员代表大会权，代表信用社利益起诉违法理事和高级管理人员权等。总之，监事会要独立依法行使职权，不受制于理事会和主任，对社员代表大会和全体社员负责。
6．建立社员代表和社员诉讼制度。当信用社某些人损害集体利益，而其他理事、监事、高级管理人员无法行使职权保护信用社利益时，社员有权向金融管理当局投诉，也可向司法机关提起诉讼请求。这一制度的建立，有利于监督内部人，防止部份人滥用权力，“官官相护”损害信用社的权益。
7．建立重大决策、事件、案件的信息发布和听证制度，增加内外部的透明度和沟通程度，保证社员真正行使民主监督权利，积极参与重大决策的制定和案件的处理，努力推进社务公开。