一、组建农村合作银行
结合我国实际情况，对于我国农村合作银行模式，本课题组认为有四种模式可供选择：
第一种模式为信用社与信用社联合。把（县）市联社改革成为农村合作银行，基层乡（区）信用社改为乡（区）农村合作银行，基层合作银行投资入股成立县（市）合作银行，县（市）合作银行投资入股成立省农村合作银行，再由省总合作银行投资入股成立中央农村合作银行。中央农村合作银行也可采取政府入股的形式。这种自下而上建立的合作银行模式，可以保留某种合作金融的因素，体现服务农村、农业、农民的经营宗旨，且能反映和维护农村合作金融的合法权益。这种纵向联合的合作银行，应采取一种上虚下实的形式，全国、省级组织主要负责管理、协调和提供结算、现金供应等方面的服务，不具备经营业务。（县）市级合作银行和乡（区）合作银行从事业务经营，接受上级行的管理，执行上级行组织制定的业务规章，依靠上级组织的良好服务和通过上级组织与各有关方面的协调工作，来进一步推动业务的发展，更好地支持农村经济。
第二种模式是由县（市）联社、基层信用社及其他金融机构（如城市合作银行）和企事业单位共同入股而重新建立的股份制农村合作银行，属商业银行性质。将基层信用社、县联社由二级法人合并为一级法人，实行全县（市）一级法人制，原各基层信用社为县（市）农村合作银行的分支机构，其各县（市）农村合作银行间、农村合作银行与城市合作银行间可以开展联行往来和横向合作，在省级和全国建立行业自律组织。其优点是规模效益好、实力强，在完善服务功能、增加结算手段、自办现金供应方面能发挥合作金融的整体功能。最适合在经济发达地区组建。
第三种模式是将基层信用社改为乡（区）农村合作银行，县（市）联社与农业银行县支行合股经营，并吸收其他企事业单位入股，为股份制农村合作银行，属商业银行性质。这种模式的优点是：可以形成全国系统，发挥农村金融的整体功能，也便于国有农业银行实行股份制改造。改革后的农业银行和信用社，在县以上为农业银行，县以下的称农村合作银行，借鉴法国农业信贷银行的模式。
第四种模式是将基层信用社改为乡镇农村合作银行，县（市）联社改为农业发展银行的分支机构，直接隶属农业发展银行管，属政策银行性质。其优点是能贯彻合作金融不以盈利为主要目的的宗旨，且弥补了农业发展银行在县以下农村分支机构少，没有经营网点的缺陷，便于农发行政策性金融业务的开展和农村合作银行在信托、证券、保险等业务方面的渗透。
农村合作银行模式的选择，可以是一种或多种模式的结合，并富有金融创新性，只要符合效益、节约、稳定的原则，以解放农村生产力、促进农村经济和金融事业的全面发展为目的，均可以尝试。各地在组建农村合作银行的过程中，要尊重基层农村信用社法人的自主权和信用社股东的利益，结合本地区经济发展和农村信用社的实际情况，因地制宜地选择和创造适合本区特点的模式，有步骤地进行组建，切忌搞一刀切的作法，避免造成工作上的失误。
二、加强农村信用社内部的科学管理
1．健全并严格执行科学的贷款制度
农村信用社金融资产风险主要发生在农村信用社的贷款业务上，为避免或减少贷款风险的发生，提高贷款的经济效益，就必须建立和健全信用社内部贷款管理制度，农村信用社管理者和工作人员必须严格执行。
（1）建立健全科学的贷款制度，首先是要搞好审贷岗位的设置
贷款从申请、审查、决策、发放到最后收回本息的整个过程，是一个有机的整体，也是一项系统工程，其中的各个环节相互制约、相互影响，任何一环节出问题，都将给信贷资产的安全带来威胁。
第一，贷款调查。在收到企业借款申请后，要对企业进行贷前调查。其主要职责是：对贷款企业进行信用分析，对贷款项目进行项目评估；调查核实贷款申请书中所列情况是否真实准确；调查借款人的合法性，是否具备贷款的资格与条件；调查借款人的贷款用途。原因及分析预测贷款偿还的可能性，并对贷与不贷、贷多贷少、期限长短、利率高低、贷款方式、贷款条件等提出初步审查意见。
第二，贷款审查。贷款调查人员提交贷款调查报告之后，信贷部门负责人及审查部门应对其进一步审核，审核贷款的依据是否合理，是否符合信用社的贷款政策与贷款原则，是否符合国家的经济金融政策，审查信用社资金头寸能否满足企业资金需求，同时对调查人员提交的信贷资料的准确性进行复核，最后就贷款额度、期限、方式、利率、条件等签署自己的意见，提交决策者。
第三，贷款决策。在审阅贷款调查报告及听取贷款调查、审查岗意见的基础上，主管信贷业务的主任应对贷款申请作出最终决策。有条件的信用社应成立贷款审批委员会，并按分级负责、集体审定、一人审批的原则进行决策。若该笔贷款额度超过了本级社的贷款权限，则应上报上级社进行决策。
第四，贷款检查。在贷款发放后，检查人员应对贷款进行跟踪检查，掌握贷款去向，监督企业按合同约定的用途使用贷款，定期分析贷款的使用情况，及时发现贷款风险信号，并采取相应措施予以补救。该岗位既可由信贷部门组织专人进行，也可单设贷款检查部门，专司其职。
第五，贷款稽核监督。该岗位的主要职责是对信用社贷款管理全过程进行合法性、合规性检查监督。稽核信贷业务是否符合国家有关方针政策、有关法律法规及本社的贷款规程、贷款制度等。对检查中发现的问题应及时向有关部门汇报，并责成有关人员或部门予以纠正。
（2）健全和完善贷款责任制度
为了强化贷款管理过程中每个岗位、每个部门及各管理人员的工作责任，在实行“审贷分离”的基础上，信用社应按“权责对应”原则，建立贷款责任制度。
第一，建立以信用社主任（经理）负责制为中心内容的贷款管理责任制体系。贷款实行分级经营管理是绝大多数国家银行业的基本经验。各级信用社主任（经理）应在授权范围内对贷款的发放与收回负全部责任。当然，主任可授权副主任或贷款管理部门负责审批贷款，但副主任或贷款管理部门负责人应对主任负责。