“现在生物与古生物在地质上的关系”一语，表明了达尔文用古生物学的材料，即从地层里发掘的来的化石材料，同现存生物作比较，直接论证生物进化。古生物是古代的、现在已绝了种的生物。古生物死后，有些遗体的坚硬部分，在地层里埋藏很长时间会变成化石。地层的形成是越往下年代越早，越往上地层年代越晚。古生物学和地质学按地层形成的先后顺序，把地球的历史分成太古代、元古代（距今约四十五亿年）、古生代（距今约六亿年）、中生代（距今约二亿五百万年）、新生代（距今约七千五百万年）。各类生物化石在上述地层里出现的顺序表明：越早形成的地层里，生物越简单、越低等；越晚形成的地层里，生物越复杂、越高等。这就证明了地球上现存的生物不是神创的，而是从最简单的生物一步一步进化而来的。
从“回国以后……一直到现在，我对这个问题的探讨始终没有间断”，说明达尔文在实地科学考察之后，又进行了十四年艰苦的搜集资料、整理研究工作。
第二部分（第二、三段）主要写《物种起源》出版说明。
第二段说明《物种起源》所以要早日发表的两个原因。从主观方面来说，《物种起源》作为进化论的绪论部分的研究工作“将近结束”；进化论的全部研究计划的完成需要更多岁月，并且由于体弱多病；所以要早日出版。从客观方面来说，华莱斯写了关于生物进化的论文，迫使达尔文早日发表自己二十多年的研究成果。
第三段，说明《物种起源》并不是达尔文创立的进化论的全部内容，而是内容摘要。内容不完备，论点依据的事实和参考资料不能详尽刊出。因此，错误之处是不可避免的。
“我极其盼望……不能办到的”几句话的意思是；“我所提出的任何一个论点都是有事实根据的。而人们往往会提出一些与我的论点完全相反的结论。本来我们处理一个问题，必须把两方面的观点所依据的事实和证据，拿来详细比较、分析，然后才能得出完善的结果。但是在《物种起源》一书中是不能办到的。因此，我希望将来有机会能把我的理论所依据的一切事实和参考文献刊印出来。”
第三部分（第四至第七段）主要内容是，批判神创论同时阐明他的进化论的基本观点。
第四段的意思有以下两点。1．根据生物相互间的亲缘关系、胚胎关系、地理分布、古生物学的证据等事实，可以作出“生物的种，和变种一样，是由以前别的种演变而来，而不是分别创造出来的”的结论。
“生物相互间的亲缘关系”——各种生物都有共同的祖先，各种生物之间有不同程度的亲缘关系，即血缘关系。生物学里把生物分成门，门下分纲，纲下分目，目下分科，科下分属，属下分种（即物种）。所有的脊椎动物都有亲缘关系，但同一属的不同物种（如老虎和猫）的亲缘关系，比同一目的不同科（如犬科）更密切。
“生物的胚胎关系”——属于同一基本类型的动物，不管成体形态构造彼此差别多么大，如鱼、蛙、龟、鸡、猪、人，可是它们的早期胚胎很相似。这表明它们有共同的祖先。
2.地球上的生物是有共同祖先的，不同的物种是进化的，但它们是怎样经历变异而来的呢？换言之，生物进化的原因是什么呢？一般博物学家认为环境如气候、食物等等是惟一可能引起变异的原因。达尔文认为，这种说法，在某一狭隘意义上来说，可算是正确的，但是，把生物进化、变异“仅仅归因于外界的条件是不合理的”，达尔文用啄木鸟、槲寄生的事例来说明，引起生物进化变异，“条件”是重要的，“若和有机体本性比较，仅属于次要地位”。
第五段的意思是，为了解决生物进化的原因是什么的问题，达尔文采用家养动物和栽培植物的方 法，即科学实验的方法。达尔文认为这是他能够了解家养动物变异原因的最良好最可靠的方法。
第六段说明生物之所以进化，一是由于生物“大量的、遗传的变异是可能的”。二是由于人工选择，这是更为重要的，因为人工选择“能使微小的变异逐渐累积起来”，能在不太长的时间里培养出新种来。
第七段主要意思有以下三点。1．生物学方面还有些问题，如对我们周围许多生物的相互关系、对某种生物分布广而繁殖多，它的邻种却分布狭小而稀少等等，了解得很不够，知道得很少，需要继续研究，但是，根据现在生物学的“精细的研究和冷静的判断，可以毫不怀疑地断言”，“创造论”即神创论是错误的。达尔文宣布：为近代许多博物学家和自己以前信奉过的“创造论”在事实上是决不能成立的。2.达尔文申明“我深信生物的种不是不变的”。他认为同属的种，都是其他大概已经灭亡的种所遗传下来的直系后代，同种的各项变种都是同种的后代。3．指出自然选择是引起物种变异的最重要的条件。