司马迁在《报任安书》中提出了“通古今之变”的命题，又在《太史公自序》中凝造了“承敝通变”的名言。后者是前者的略语，都是讲如何处理古和今的关系，以求更好地积累文化、发展传统的问题。它是司马迁治史的伟大抱负和根本目的；是他的史学智慧的集中体现；也是他的《史记》之所以成为饮誉世界、具有魅力的关键所在。它已成为中国史学史上的一个优秀传统，迄今仍有强大的生命力和可资借鉴的价值。
司马迁着意讲“变”，可以说，他的《史记》的五体———本纪、表、书、世家、列传，都在捕捉一个“变”字。他认为“天”是变的，称天变为“天运”(《天官书》)。他认为“物”是变的，说“物盛而衰，固其变也”(《十二诸侯年表序》)。他称历史的变化为“古今之变”，特别重视历史的巨变，说：秦楚的“五年之间，号令三嬗，自生民以来，未始有受命若斯之亟也”(《秦楚之际月表序》)。总之，“变”是司马迁历史观的核心，是对以往历史观的一种变革，应当引起格外重视。
司马迁十分重视“通古今之变”的“通”字，“通”即贯通，就是对古今之变作贯通的思考。为了强调这一点，他还作了“略协古今之变。、“厥协六经异传”、“整齐百家杂语”等表述。“略协”、“厥协”、“整齐”均指综合、总结，就是通过综合、总结而把握全部历史之变的大纲即规律的意思。司马迁正是这样做的。他两次修正历史的断限，就是为了把握由黄帝到汉初的从统一走向大一统的规律；就是为了把握人心向背是历史发展决定力量的真理。这两点把握雄辩地证明了：古与今的阻隔是可以贯通的，人们是能够化古为今、化传统为现代的。由此我们看到，“通古今之变”，不是简单的历史知识，而是卓越的历史智慧。
为了贯通古今，沟通传统与现代，司马迁采用了三种相互联系的方法，即批判、会通和创新。
首先是批判。真正要贯通古今，沟通传统与现代，必须经过分析批判，因为传统与现代都是精华和糟粕混杂的库藏。如何批判？一要“善言古者必有节于今”(荀子语)，即要立足于“今”检验古代传下来的道理，经过剖析以判断其得失，以便正确地继承。二要对现代作深入的审查，透过现象抓住本质，找到合乎规律的东西，以便与传统相沟通。正是这种批判精神，使司马迁能够提出独具特色的大一统理论，揭示出人心向背是历史发展最后决定力量的真理；也正是这种批判精神，使他受到刘知几的高度称赞，说他是最具有批判现实即“述汉非”勇气的人！
其次是会通。所谓“会通”，即是在批判的基础上，对前人遗留下来的传统，从新的视角进行审查和综合解释，并与现实的经验相结合，使已经获得的理论成果融会贯通起来，达到一个更高的水平。可以说，司马迁的全部史学思想都是会通先秦诸子以来百家学说中的合理观点与现实的经验形成的。如儒家的“民惟邦本”思想，法家的“法后王”思想，阴阳家的“循环论”思想，公羊家的“大一统”思想以及司马迁的生活经历等等，都是司马迁加以会通的重要因素，正是通过对这些因素的分析批判和综合解释，使其融会贯通，才形成了司马迁的独特的史学观。
再次是创新。批判、会通的目的在于推陈出新，即把新的实践经验和新的理论成就增添到传统的宝库中去。在这方面，司马迁作出了突出的贡献。“成一家之言”，即创新，是司马迁治史的伟大抱负，这抱负已在历史巨著《史记》中变成了现实。《史记》从形式到内容都是划时代的创新。司马迁所以能够创新，是和他的不从流俗、不拘经典教条、敢于突现被常识掩盖的合理因素的批判意识分不开的。正是这种批判意识，才使司马迁能够不与俗流、圣见同是非，突破旧的思想传统和官方史学的框架，创立自己崭新的史学思想体系。司马迁的“通古今之变”的思想，为中国“通变”传统的形成奠定了深厚的理论基础，对后世产生了深远而又广泛的影响。正是在这种家风和历史观的影响下，才产生了司马光的《通鉴》、郑樵的《通志》、《文心雕龙》的《通变》、刘知几的《史通》、周濂溪的《通书》以及唐以后的《通典》、《通考》等不朽名著。司马迁的“通变”智慧，不仅有其历史意义，而且有其当代价值。
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