孔子标志着从巫到史转变的萌芽。孔子本身就精通巫史知识，可以说也是接续他之前的巫史文化而来的。但到了孔子生活的时代，巫史们早已不是像半神一样被人们敬仰了。他们原来统驭人民的权力被行 政官员剥离了，与神沟通的特权又伴随血亲社会关系的强化而削弱。然而他们并不甘心就这样被社会、历史湮没，还想参与社会高层事务，所以这些知识阶层的人们转而另觅出路，将“礼”作为社会、道德、伦理的大境界推了出来，巫史文化进入了一个讲“礼”的时代。
司马迁就是接续孔子另谋出路的一个人。司马迁也是巫史文化延续的重要人物，他的巫史文化背景比孔子实在，司马迁先祖即为周史官，父司马谈又在汉朝作太史令，司马迁与巫史文化有家学上的渊源。
汉初太史令并不以著史书为本职，而是掌文史、星历的，“太史公既掌天官，不治民”（同上）。司马迁本人也是一位天文学专家，曾与壶遂等人共同参与过太初历的修订，也就是说，司马迁行的是巫史的本职。
但司马迁毕竟不同于早期的巫史，不像他们那样笃信神明，以祈福避祸。他更是把一些神异性的东西剖开给世人看。“（陈胜、吴广）乃丹书帛曰‘陈胜王’置人所罾鱼腹中。卒鱼烹食，得鱼腹中书，固以怪之矣。又间令吴广之次所旁丛祠中，夜篝火，狐鸣呼曰：‘大楚兴，陈胜王’”。点明了神异乃人为之。司马迁对神的态度比孔子的“不语怪、力、乱、神”更进了一步，明显不同于原初的巫史。
但司马迁也有一些是与巫史们相同的，那就是他写《史记》的目的之一也是“究天人之际”，而这项工作是巫史职务的中心内容。可见司马迁虽然不是原初的巫史，但可以说他是巫史文化的延续。
因为生活在汉初，所以延续的方式有所不同。司马迁《太史公自序》及《报任安书》中多次将《史记》与孔子的《春秋》并提，之所以这样说是因为司马迁认为自己从精神上是与孔子相通的，故而《史记》可以作为《春秋》的接续。
首先，司马迁与孔子一样都是发愤著书。孔子在列国四处碰壁，“乃因史记作《春秋》”（《史记·孔子世家》）。司马迁也是一样，因李陵之祸而遭腐刑，“拳拳之忠，终不能自列”，“意有郁结，不得通其道，故述往事，思来者。”（《报任安书》）
其次，司马迁与孔子一样，都有极强的社会责任感，希望自己的主张、学说能垂名于后世。被李陵事件牵连后，“所以隐忍苟活，幽于粪土之中而不辞者，恨私心有所不尽，鄙陋没世而文采不表于后世也。”孔子“病没世而名不称”的思想在司马迁的身上再一次重现。而这种高度的责任感与巫史们对社会负责的情结有一定的关联。远古时，凡国家大事必有祭祀，必有巫史参与，他们所说的虽名为神的意旨，但毕竟有他们的加入，自然会觉得事之抉择与“我”有关，自然也会形成因为国家与“我”命运交关，所以一定要对国家负责的一种心理定式。孔子、司马迁的责任感正是这种传统巫史心理定式的表现。虽说在统治阶层眼中巫史地位日趋衰落，但巫史们的这种情结却并未在本阶层内消失。
司马迁与孔子不同之处在于，他们虽然都选择了以史实作为表达观点的载体，但所载的内容却是不同的。孔子的著书、讲学是为了培养一种对社会有责任的士阶层的力量，想恢复以前以巫史为代表的知识阶层对社会的作用，通过他们完善社会，而司马迁只是借史发一己之言。孔子时代以传统的“礼”使巫史后人们加入统治集团核心的梦想在汉初更加不可能实现。以司马迁为代表的巫史后人们已安于处于统治集团的外层，巫史阶层在原初时期的辉煌与力量已经成为一个遥远的梦想，可望而不可及，他们的理想是通过完善自我，以自己渊博的知识、卓越的见解影响统治者来实现自我价值。
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