《庄子·在宥》篇中有：“至道之精，窈窈冥冥；至道之极，昏昏默默。……我守其一，以处其和。”《刻意》篇中有：“纯素之道，唯神是守；守而勿失，与神为一；一之精通，合于天伦。”《天地》篇中有：“泰初有无，无有无名；一之所起，有一而未形。物得以生，谓之德……”这里，“一”就是“道”的别名。
《庄子》书中还有“大一”或“太一”概念。除《天下》篇说关尹、老聃“主之以太一”和举惠施的命题“至大无外，谓之大一”外，《徐无鬼》篇中有：“知大一……大一通之……”（郭象《注》：“大一，道也。”）《列御寇》篇中有：“欲兼济道物，太一形虚。”（成玄英《疏》：“欲兼济群物，导达群生，望得虚空之形，合太一之玄道者，终不可也。”）这里的“大一”或“太一”也可谓“道”的别名，此与《太一生水》的“太一”相同。“太一”同于“道”，这是当时道家通行的用法。然而，《太一生水》的宇宙生成论不仅在道家思想中，而且在整个中国哲学史上，都是独树一帜。我在《从郭店楚简看早期道儒关系》一文中已指出，《太一生水》的思想和《管子·水地》篇的思想只能是中国哲学史上的一种个别，这种思想一般出现得比较早，当气生天地或气生五行的思想成为一种思维模式后，它再出现就不太可能了，原因在于中国传统思想认为天总比地更重要或更为先，而天可以说是气，地则可以说是五行中的土（《太一生水》亦云：“下，土也，而谓之地；上，气也，而谓之天”），如果说水比气更根本，那么在水与地或水与其他四行之间就必然要插入气，这样也就必然要打散五行系统，中国哲学若要处理好气论与五行说的关系，就必然是气先于水，或气先于五行。《太一生水》中的太一和水是“先天地生”的，这种宇宙生成论不可能成为道家或其他家的通行的思想。因此，《庄子》书中虽然有“太一”概念，但“太一”（“道”）的下属概念并不是水，而是气。
《庄子》书中有丰富的气论思想，而且气也可以称为“一”或“一气”。庄子认为，人与万物都是由“阴阳之气”生成的，《大宗师》云：“俄而子舆有病……阴阳之气有沴……”“阴阳于人，不翅于父母”，“今一以天地为大炉，以造化为大冶，恶乎往而不可哉”。《大宗师》中还有：“彼方且与造物者为人，而游乎天地之一气。”《知北游》中更有：“人之生，气之聚也；聚则为生，散则为死。……通天下一气耳，圣人故贵一。”庄子及其后学的“贵一”，是包括贵“一气”的。“一气”就是说世界为一连续统一的整体，世界万物的“底层相同”，都是“气”所产生（参见拙著《中国气论探源与发微》第122页）。
因为“道”和“气”都可称为“一”，但“气”之“一”又不同于“道”之“一”，所以《庄子》书中没有“道生一”的表述，而是说：“伏戏氏得之，以袭气母。”（《大宗师》，成《疏》云：“气母，元气之母；[袭气母]，应道也。”）“天地者，形之大者也；阴阳者，气之大者也；道者为之公。”（《则阳》）“察其始也而本无生，非徒无生也而本无形，非徒无形也而本无气。杂乎芒芴之间变而有气，气变而有形，形变而有生……”（《至乐》）《知北游》中借“黄帝”之口说出的“通天下一气耳”，最终也被认为不如“无为谓”的“三问而不答”，也不如“狂屈”的“中欲言而忘其所欲言”，故而“予与若终不近也，以其知之也”。这些已足可说明“道”是比“气”更根本的范畴，是“道”或“无”生出了“气”；如若说“道生一”，那就陷于表述上的矛盾了。
在庄子的思想中，“道”的下属概念是“气”。以前，学界大多认为庄子的这一思想是源于老子，其根据就是《老子》四十二章那段话：“道生一，一生二，二生三，三生万物。万物负阴而抱阳，充气以为和。”前后文互释，“道生一”的“一”显然就是指“气”。现在，郭店简本《老子》出土，如果说简本只是摘抄本，在此之前的《老子》足本中原有“道生一”一段话，只不过简本的编者在抄到“天下万物生于有，有生于无”之后把“道生一”这段话给省略了或抄漏了，那么当然还可维持学界原有的观点。但是，“道生一”不仅在通行的《老子》足本中有与“道一同”（道即一）思想的矛盾，而且也与《太一生水》的思想相矛盾，《太一生水》的作者不可能说“道生太一”，也不可能在见了“道生一”这段话后再据此发挥出“太一生水；水反辅太一，是以成天；天反辅太一，是以成地；天地复相辅也，是以成神明；神明复相辅也，是以成阴阳……”这样的宇宙生成论。如果说“道生一”这段话是后来加进《老子》的，这一“假说”在被新的史料予以证伪之前还可成立，那么庄子思想中的“道”或“无”生“气”的思想是否源于老子，就是一个值得重新考虑的问题了。庄子大约生存于公元前368年至前268年，郭店楚墓则葬于公元前300年上下，此时已是庄子的晚年，而当时楚地仍然流传着“太一生水”，楚简的抄手不以其与《老子》相矛盾，竟然把它和《老子》抄在一起。那么，庄子就一定能看到当时的《老子》传本中有“道生一”吗？
如果庄子在著书时尚未看到《老子》传本中有“道生一”，那么《庄子》书中的气论思想或许另有所本（这是一个依据“假说”而立的“假说”）。我认为，这另有所本的最大可能性是本于当时儒家学派中的易学思想。《大宗师》在论“道”一节中有：
夫道……在太极之先而不为高，在六极之下而不为深，先天地而不为久，长于上古而不为老。
对这段话中的“太极”，学界有两种相反的观点。张岱年先生认为，“太极”一词出于《易传》，庄子的“在太极之先”是对于“易有太极”的反命题，至少《系词传》的一些章节应写在庄子之前（参见张著《中国哲学史史料学》，三联出版社1982年版，第24页）。与此相反，另一些学者认为，“太极”指空间的最高极限，它作为中国哲学史上的一个重要概念，是庄子首创的，《易传》的“太极”是取自庄子（参见陈鼓应《老庄新论》，中华书局香港1991年版，第196页）。我觉得“太极”为庄子首创说似难以成立。就空间的最高极限而言，“六极”一词（指三维空间的六个极限，即“六合”之极限）已足可表达。《庄子》书中另有几处说到“六极”，如《应帝王》篇的“以出六极之外”，《天运》篇的“充满天地，苞裹六极”。“太极”一词在《庄子》书中仅一见，其与“六极”相对而言，意义并不明确。俞樾在《诸子平议》中认为“先”与“高”不相应，故将此句改为“在太极之上”。若谓“六极”之上还有空间的极限，殊难理解；若谓“太极”是指空间最上的极限，则其只是“六极”之一而已。庄子首创一个意义不明的词，且只用一次，似无此必要。如果说这是针对“易有太极”而发，则符合思想发展的逻辑。