《庄子》古木（〈汉志》本、司马彪注本）五十二篇，今本（郭象注本）三十三篇，古、今两本相较，则遗佚十九篇。若不计《淮南子》的作者所作的三篇〈庄子》解说，则尚遗佚十六篇。这些篇章被郭象或“略而不存”，或“裁取其长”，即被删削或合并，本来面目已无从恢复、然而其篇目可考者尚有以下数篇：
《阎奕〉、《意修〉、《危言〉、《游凫》、《子胥》这几篇篇名首见于唐代陆德明《经典释文·序录渐引“郭子玄云”，后证以日本镰仓时代（约相当我国南宋时期）高山寺所藏《庄子》古钞本《天下》篇后的附语，断定为郭象《庄子注》的跋记，是极为可信的。因而也可以断定这些篇是《庄子》古本中所有而被郭象删割掉的。《文选》颜延年《车驾幸京口侍游蒜山诗》，李善注引“阔奕之隶，与殷翼之孙”云云，似是《阏奕》篇之文（《文选》卷二十二）。《太平御览》“游岛问黄雄”云云，似是《游凫篇之文（《太平御览》五百三十）。
《惠施》这一篇目见于《北齐书》。《北齐书·杜弼传》称杜粥“耽好玄理，老而愈笃，又著《庄子惠施篇》、《易上下系》，名《新注文苑》，并行于世”（《北齐书》卷甘四）。宋代王应麟据此判定《惠施》是赃子》逸篇（《困学纪闻》卷十）。晚近学者如王叔岷等则进一步推测《天下》篇末章（“惠施”章）即是此篇；谭戒甫更考定《庄子》五十二篇中的《惠施》篇，即是《汉末》名家类的“《惠子》一篇”，此是《汉志》篇名互见之又一例，是晋人李颐集解时将它和《天下》篇合并的。应该说，这一推断是可信的。事情很可能是这样发生的：惠施是庄子的论友，刘向编校《庄子》时，将记述惠施辩者论点的一篇文字编入《庄子》，《汉志》又在名家类重出一次；魏晋学者注解《天下》篇时，又将惠施这段言论视为和墨翟、宋研、彭蒙、关尹、庄周争鸣的一家之言并入《天下》篇。这件给后人制造了紊乱的事，在当时其本身也是有完全可以理解的、十分合理的逻辑的。
《庄子》遗快篇目，大概只有上面六篇为确切可考者。此外，虽还有三个篇目曾为古今学者所提出，但尚难以被确认。
《畏累虚》《史记·庄子列传》说，庄子“作《渔父》、《盗跖》、《肢箧》，以诋訾孔子之徒，以明老子之术，畏累虚、允桑子之属，皆空语无事实。“既然“亢桑子”即“庚桑楚”，为《庄子》杂篇首篇之篇目，那么，类而推之，“畏累虚《亦当为篇名，故司马贞《史记索隐》说：“畏累虚，篇名也。即老聃弟子畏累。”这是一种理解。张守节史记正义》持异议，认为“庄子云‘庚桑楚者，老子弟子，北居畏累之上’，言《庄子》杂篇《庚桑楚》已下，皆空设言语，无有事实也。”这是另一种理解。清代学者俞正樊亦同意这一理解，认为“畏累虚”不是篇名，他说：“庄子逸文，畏累虚不当列入，历来诸家皆承《索隐》而误。”（《癸已存稿·司马彪汪集本跋》）比较而言，《正义》的理解为可信。
〈马捶〉〈南史·何子朗传》谓，子朗“尝为《败冢赋》，拟庄周〈马捶〉，其文甚江”（〈南史》卷七十二）。孙志祖据此认为“孟《马捶》亦〈庄子〉逸篇也、（〈读书脞录续编·庄子逸文》）。何子朗《败冢赋》今佚，“马捶”事见《庄子·至乐〉，是一则很完整的寓言故事：
庄子之楚，见空骷髅，髓然有形，撤以马捶，因而问之，曰：“夫于贪生失理而为此乎？将子有亡国之事，斧钺之珠，而为此乎？将子有不善之行，愧遗父母妻子之丑，而为此乎？将子有冻馁之患，而为此乎？将子之春秋故及此乎？”于是语卒，授骷髅，枕而卧。夜半，骷髅见梦曰：“子之谈者似辩士。视子所言：皆生人之累也，死则无此矣。子欲闻死之说乎？”庄子曰：“然。骷髅曰：“死，无君于上，无臣于下；亦无四时之事，从然以天地为春秋，虽南面王乐，不能过也。”庄子不信，曰：“吾使司命复生于形，为子骨肉肌肤，反子父母妻子间里知识，子欲之乎？”骷髅深膜蹙额曰：“吾安能弃南面王乐而复为人间之劳乎？”
《至乐》篇共有七章，第一章大体是议论无为即是至乐，第七章叙述万物循环相生，“出于机入于机”。中间五章是五个各自独立的、但内容意蕴也若有相连的寓言故事，“马捶”就是其中的第三个故事，表现的是人生则有累，死则快乐的人生哲学。王夫之曾评论其意境浅陋，“盖学于老庄，掠其肤说”（《庄子解》）者为之，甚是。这则完整的故事，在古本《庄子》中可能是“马捶”为题的独立的一篇，或该篇的首章。郭象修订《庄子》时，正以其文短义浅，有悖于庄子本义，把它别并入《至乐》篇。这种古本《庄子〉在唐以前的六朝时期的民间，恐怕还有散存，上述杜弼注《庄子·惠施》篇即是一证。唐以后，随着古本《庄子》的遗佚，“马捶”其篇亦不可见而只存其文于今本中了。按照这种理解，孙氏推断《马捶》为《庄子》佚篇是有其可能的。另外的一种理解是，何子朗的《败冢赋》可能与谢惠运的《祭古冢文》相似，叩问死者“为寿为夭，宁显宁晦，铭志湮灭，姓字不传，今谁子后，囊谁子先，功名美恶，如何蔑然”，抒发的也正是那种对无名死者的怅惆和哀念的感情。“拟马捶”是袭取《庄子》“马捶”章的恶生乐死之义，而不是拟其篇。按照这种理解，孙氏的推断则是不确的。
《重言》晚近，学者严灵峰曾提出这样的见解：郭象《庄子注》跋语中提到的篇名“危言”，日本高山寺本作“尾言”，“危”、“尾”字疑皆为“扈”字之形近而讹。今本《庄子·寓言》篇谓，“寓言十九，重言十七，扈言日出”，“危言”篇当作“扈言”篇。准此，似尚有《重言》篇。严氏的推断甚是巧妙，亦不为无理。但缺乏旁证，仅此孤证则尚难成立。
据司马迁说，庄子“著书十万言”，而今本《庄子》不及七万字，可见被刊落和被郭象删剧的《庄子》佚文是相当可观的。陆德明曾见司马彪五十二篇注本，由此可以推测《庄子》古本是在唐以后遗佚的。因而，从唐代以前学者著述的征引中和唐宋类书的荟萃中作搜寻，是辑录《庄子》快文的主要门路或方法。最早有南宋王应麟，他从《世说新语》、《文选》、《后汉书》的注解及《艺文类聚》、《太平御览》中辑出三十九条（载《困学纪闻》卷十）。阎若璩校订《困学纪闻》、孙志祖撰《读书脞录续编》、翁元圻注解《困学纪闻》，皆就之而补缀，分别增录八条、十二条、二条。这些新增缀的《庄子》佚文，因引据欠缺精确考订，故真实性亦为可疑。马叙伦曾批评说：“阎氏所补，乃误取伙严遵《老子指归》语，张琦已斥之。孙氏所录，并今本之所有而内之佚文，故翁氏谓其考之未详。而翁氏取《音义》所引〈逍遥游〉篇佚文之见于崔、向、司马者一事，则《音义》所取不止一事，亦何其疏也，”（〈庄子义证〉附录二〈庄子佚文辑录序〉）晚近学者辑录〈庄子〉佚文所得最多者为马叙伦、王叔岷。马氏援引二十余种典籍，合之前人旧辑，共得一百二十作条。王氏援引更广，乃至有佛典义疏，〈华严经随疏演义钞〉、《净土三部经音义》、《因明论疏明灯抄》等，合之前人旧辑，共得一百五十余条，可为诸家之最。然其严谨似有所不足。
现已辑录的《庄子》佚文，大都是一些片断的历史故事和粗糙的博物知识，显示不出明显的理论观点或思想倾向，可能正是被郭象视为最“迂诞”、“鄙背”的芜杂材料而删削掉的。但现在看来，它们仍是有珍贵的学术价值。就庄学研究来说，它可以印证郭象在《庄子注》的跋语中所列举的被删削的“巧杂”篇章是确实存在过的，因为佚文中就有明显的、可断定是属于这些佚篇的文字。例如：
阔奕之隶与殷翼之孙、遏氏之子，三士相与谋致人于造物，共之无天之上。元天者，其高四见列星。（《以文选》颜延年《车驾幸京山待游蒜山诗》注引）
游岛问黄雄，曰：“今逐疫出魁，击鼓呼噪，何也？”曰；“昔黔首多病，黄帝立巫咸，教黔首，使之沐浴斋戒以通九窍，鸣鼓振锋，以动其心，劳形趋步，以发阴阳之气。春月，毗巷饮酒茹葱，以通五藏。夫击鼓呼噪，非以逐疫出魅，黔首不知，以为魅祟也。”（《玉烛宝典》、《太平御览》五百三十）
夫差瞑目东粤（《文选》刘孝标《广绝交论》注引）显然，这些佚文正是分别隶属于佚篇《阏奕》、《游凫》、《子胥》。另外，佚文的内容驳杂、广泛，远远超越了远古时期个人可能具有的经历和记闻范围，清楚地表明古本《庄子》决不是成于一人之手；从其中出现的名物称谓、历史事件，如“黔首”，“荆轲神勇之人，怒而色不变”（〈太平御览〉四百三二七）等的发生年代来推算，古本〈庄子〉各篇也决不是成于一时，有些篇可能是庄子死后多年才由庄子后学创作出来。这一情况在今本〈庄子〉外杂篇中同样存在，它是先秦庄学发展的重要表征，下面还将论及。