为有效解决新所得税法实施后法人所得税制度下税源跨省市转移问题，国家税务总局近期下发了《跨地区经营汇总纳税企业所得税征收管理暂行办法》(国税发[2008]28号)(以下简称《办法》)，对跨地区经营汇总纳税企业总机构和分支机构的所得税缴纳做出了明确规定。
一、总机构与分支机构就地分期预缴企业所得税的规定
《办法》规定，居民企业在中国境内跨地区(指跨省、自治区、直辖市和计划单列市，下同)设立不具有法人资格的营业机构、场所(以下称分支机构)的，该居民企业为汇总纳税企业(以下称企业)。总机构和具有主体生产经营职能的二级分支机构，就地分期预缴企业所得税。但并不是所有跨地区设立不具有法人资格的营业机构、场所的居民企业为汇总纳税企业都需就地分期预缴企业所得税。铁路运输企业、国有邮政企业、中国工商银行股份有限公司、中国农业银行、中国银行股份有限公司、国家开发银行、中国农业发展银行、中国进出口银行、中央汇金投资有限责任公司、中国建设银行股份有限公司、中国建银投资有限责任公司、中国石油天然气股份有限公司、中国石油化工股份有限公司以及海洋石油天然气企业(包括港澳台和外商投资、外国海上石油天然气企业)等缴纳所得税未纳入中央和地方分享范围的企业，不适用此类核算办法。
跨地区经营汇总纳税企业实行“统一计算、分级管理、就地预缴、汇总清算、财政调库”的企业所得税征收管理办法。包括：企业总机构统一计算包括企业所属各个不具有法人资格的营业机构、场所在内的全部应纳税所得额、应纳税额；总机构、分支机构所在地的主管税务机关都有对当地机构进行企业所得税管理的责任，总机构和分支机构应分别接受机构所在地主管税务机关的管理：总机构、分支机构应按本办法的规定，分月或分季分别向所在地主管税务机关申报预缴企业所得税；在年度终了后，总机构负责进行企业所得税的年度汇算清缴，统一计算企业的年度应纳所得税额，抵减总机构、分支机构当年已就地分期预缴的企业所得税款后，多退少补税款；财政部定期将缴入中央国库的跨地区总分机构企业所得税待分配收入，按核定系数调整至地方金库。
二、就地分期缴税的分支机构须符合的相关条件
《办法》规定，分支机构须具有主体生产经营职能。二级分支机构及其下属机构均由二级分支机构集中就地预缴企业所得税：三级及以下分支机构不就地预缴企业所得税，其经营收人、职工工资和资产总额统一计入二级分支机构。总机构设立具有独立生产经营职能部门，且具有独立生产经营职能部门的经营收入、职工资和资产总额与管理职能部门分开核算的，可将具有独立生产经营职能的部门视同一个分支机构，就地预缴企业所得税。具有独立生产经营职能部门与管理职能部门的经营收入、职工工资和资产总额不能分开核算的，具有独立生产经营职能的部门不得视同一个分支机构，不就地预缴企业所得税。不具有主体生产经营职能，且在当地不缴纳增值税、营业税的产品售后服务、内部研发、仓储等企业内部辅助性的二级及以下分支机构，不就地预缴企业所得税。此外，还有一些特殊规定。上年度认定为小型微利企业的，其分支机构不就地预缴企业所得税；新设立的分支机构，设立当年不就地预缴企业所得税；撤销的分支机构，撤销当年剩余期限内应分摊的企业所得税款由总机构缴入中央国库；企业在中国境外设立的不具有法人资格的营业机构，不就地预缴企业所得税；总机构和分支机构20xx年及以前年度按独立纳税人计缴所得税尚未弥补完的亏损，允许在法定剩余年限内继续弥补。
三、税款预缴方式的确定
企业应根据当期实际利润额，分别由总机构和分支机构分月或分季就地预缴。在规定期限内按实际利润额预缴有困难的，经总机构所在地主管税务机关认可，也可按照上一年度应纳税所得额的1／12或1／4，由总机构、分支机构就地预缴企业所得税。预缴方式一经确定，当年度不得变更。总机构和分支机构应分期预缴的企业所得税，50%在各分支机构间分摊预缴，50%由总机构预缴。总机构预缴部分的25%就地入库，25%预缴入中央国库。总机构在年度终了后5个月内，应依照法律、法规和其他有关规定进行汇总纳税企业的所得税年度汇算清缴。各分支机构不进行企业所得税汇算清缴。当年应补缴的所得税款，由总机构缴入中央国库。当年多缴的所得税款，由总机构所在地主管税务机关开具“税收收入退还书”等凭证，按规定程序从中央国库办理退库。
四、分支机构分摊预缴税款数额的确定
分支机构需要分摊和预缴的税款由三个因素确定。总机构应按以前年度分支机构经营收入、职工工资和资产总额三个因素计算各分支机构应分摊所得税款的比例，其权重为0.35、0.35、0.30。计算公式如下：某分支机构分摊比例=0.35×(该分支机构营业收入／各分支机构营业收入之和)+0.35x(该分支机构工资总额／各分支机构工资总额之和)+0.30×(该分支机构资产总额／各分支机构资产总额之和)。以上公式中分支机构仅指需要就地预缴的分支机构，该税款分摊比例按上述方法一经确定后，当年不作调整。
五、总机构和分支机构接受税务机关的监督管理
《办法》规定，总机构和分支机构均应依法办理税务登记，接受各自所在地税务机关的监督和管理。总机构应在每年6月20日前，将计算确定的各分支机构当年应分摊税款的比例，填入《企业所得税汇总纳税分支机构分配表》，报送总机构所在地主管税务机关，同时下发各分支机构，还应当将其所有二级分支机构(包括不参与就地预缴分支机构)的信息及二级分支机构主管税务机关的邮编、地址报主管税务机关备案。分支机构应将总机构信息、上级机构、下属分支机构信息报主管税务机关备案。