小型企业的组织体系通常采用垂直管理模式，管理跨度小，管理幅度窄。由於受规模、财力、人力等限制，小型企业内部控制机构（岗位）的设置和职责划分容易产生交叉重叠现象，影响企业的经营和发展。因此，应当根据企业自身的特点和经营管理的需要，避繁就简、避虚务实，从经济性、实用性出发，注重实际运作控制。
实际运作控制亦称"应用控制"，是指在企业内部实际经营操作过程中实施的各项控制。主要包括批准控制、会计控制和实物控制。
一、批准控制
批准控制是指在某项经济业务发生之前，按照既定程式，对其正确性、合理性、合法性加以核准，并确定是否让其发生所进行的控制。批准控制系事前控制，可将一切不合法的经济业务控制在事发之前，具有预防作用。小型企业的正常经济业务较多，因此，可采用一般批准方式，授权给较低层次管理人员，由其根据既定的预算、计画、制度等标准，在授权范围内行使批准权。这样做，既能提高工作效率，又能保证经济活动的灵活性和主动性。
小型企业的例外经济业务较少，且无章可依。因此，对这些业务，必须采取特别批准方式，由高层管理人员直至厂长（经理），专门研究後作出决定。小型企业的财务收支批准系内部控制的关键，可由各部门（小组）提出申请或计画，财会部门审核後报厂长（经理）批准。这 ，批准往往不是一次完成的，多数经济业务需经两次或两次以上相互联系的批准才能完成。後一次批准既是对前一次批准的认可，又是对前一次批准形成的经济业务的进一步监督和控制。若每次负责批准的人或部门相互独立，则更能强化批准控制的功能。批准控制必须做到以下几点：1、所有人员不经合法授权，不能行使批准权。按照责权利相结合的原则，在合理分工的基础上，授予各层次管理人员相应的批准许可权，赋予相应的责任。不经合法授权，任何人不能审批；有批准权的人，只能在规定的许可权范围内行事，不得越权批准。
2、所有业务不经批准，不能执行。为保证全部经济活动按照既定的方针、政策进行，每项经济业务在执行之前，必须按照适当的批准程式，报经有关人员或部门审批。未经批准，不得办理经济业务。
3、经济业务一经批准，必须予以执行。如果情况有变不能执行，要及时请示汇报。
4、经批准的经济业务，必须按照已批准的方案进行，不得擅自改动。在执行中确需变动或更改的，必须立即报告。
二、会计控制
会计控制是指通过企业内部会计活动对经济业务实施的控制。为保证内部控制的有效性和可靠性，会计控制应具备以下内容：1、恰当的岗位设置。为达到会计控制的目的，根据小型企业的特点，会计核算宜采用集中核算的方式，即由会计机构统一办理。一般可设会计主管兼总账会计、明细账会计兼稽核、出纳三个岗位。
2、严密的凭证制度。主要有三项：一是设计合适的凭证格式及传递程式。企业的每一笔经济业务，都必须填制凭证，并按照规定的程式传递。这样，一旦某项经济业务出现问题，就会在制作、传递凭证过程中及时被发现，凭证即成为追究责任的依据。二是所有凭证都要预先依次编号，以便查证。三是对所有凭证，无论是自制的还是外来的，在入账之前必须经过认真审核，以保证每项经济业务入账的正确性及合法性。
3、合理的会计记录程式。为使会计控制顺利进行，可根据企业实际情况，建立一套合理的会计记录程式，包括凭证填制、传递、审核、账簿登记、报表编制等。设计会计记录程式，要充分考虑企业规模大小、业务量多少，以及管理人员数量、水平等因素。在保证满足所需核算资料和必要控制手续的前提下，尽可能地简化手续，以增强可操作性。
4、严格的日常核对制度。包括账证核对、账账核对、账表核对、账实核对等。日常核对制度对保证会计记录的真实、完整、正确，保证会计控制的有效性，具有至关重要的作用。
三、实物控制
实物包括企业的资产、物资以及会计资料等。实物控制是指为保护各种实物的安全完整，防止舞弊行为而进行的控制。主要包括限制接近、实物保护和实物清查。
1、限制接近。实物的限制接近是减少实物被盗或毁损机会、划分责任、保护实物实体的重要措施。实物接近要严格限制在经批准的人员范围内。根据各种实物的性质和管理特点，合理确定允许接近的人员，并对限制接近的遵守情况进行严格的检查监督。比如，货币资金仅限於专职的收银、出纳人员，并与有关账簿记录人员相分离。出纳人员要严格按照国家有关货币资金管理的规定保管和使用。存货仅限於仓库保管员，其他人员未经批准不得接近。查看会计资料仅限於经批准的有关人员，其他无关人员未经批准不得随意接近和查看，以免发生篡改、销毁等事件。
2、实物保护。实物保护是指为使实物免遭盗窃、损伤及其他意外损害，确保实物的完整性而采取的各种措施。一般来说，应对各种安全防范措施定期检查，消除隐患，减少实物受损机会。
3、实物清查。结合企业自身特点，采取定期盘点或轮番盘存的方法，清查财产物资的实有数量，妥善处理盘盈盘亏，确保账实相符。