当今世界性的网络热潮以令人惊叹的速度席卷全球，以前所未有的力度冲击人们的生活，这种趋势同样影响着审计这一重要学科。网络的发展不仅改变了审计理论，而且从根本上改变了审计赖以生存的环境。这种改变对审计的组织形式、审计的方法体系、审计的报告模式、审计质量控制范围、计算机审计等提出了全新要求。
一、网络系统审计理论的创新
首先是审计目标的确立。审计目标是指在一定历史条件下，审计主体通过审计实践活动所期望达到的结果、境地。审计目标是审计理论的一个组成部分，并与审计环境相联系。审计理论体系是一个开放的系统，随所处的环境的变化而变化。进入网络时代，审计环境发生巨大变化，审计目标也随审计环境的变化而做出调整，并指导审计实践，从而使审计体系能够适应审计环境变动的要求，并能不断向前发展。审计目标是审计环境对审计系统要求的反映，也是审计系统满足审计环境的方式。外部环境通过审计目标作用于审计系统，而审计系统又通过审计目标去适应审计环境。同时在审计实践中，审计目标不断受到检验，并随审计环境的变化而不断修正。审计目标的变化又会影响审计理论体系的构建，故审计目标起着联系审计理论与审计实践的作用。在网络时代审计理论的创新，首先要确立新的审计目标，即在网络系统审计中审计想要达到的境地或标准。
其次是审计对象的变更。在网络时代，由于审计目标的改变，审计对象随着也变更。审计对象的各种业务，不论范围、内容还是形式，都在变得日益繁复和易变。因为一方面由于电子商务的出现，使无纸贸易成为现实，如何加强对这种审计线索电子化或无书面记录经济业务的审计，无疑使审计对象发生了变化；另一方面，众多“网上公司”、“网上银行”及远距离多主体的网上合作体的涌现，出现了会计上所谓“虚拟主体”，如何对这种“虚拟主体”进行审计，这些都使原来“被审单位的财政财务收支及其有关的经济活动”这一审计对象显得狭窄，不切实际，迫切需要有适应电子商务、网上实体这种无书面记录经济业务的审计对象。
第三是审计假设的修正。审计假设是对审计所处特定社会环境的某项事项和现象所做出的推断。它能联系审计理论与审计实务，联系审计体系与审计环境。但一项审计假设只能适用于一定环境和一定时期，随着网络时代的到来，社会环境的不断变化，会使得这项或那项假设失去效用。审计假设是为审计目标实现而设立的前提，是审计理论的最基础部分，是审计理论体系中最高层次的概念，同时也是审计实务的基本前提，是客观环境对审计的约束。在网络时代，对审计理论的研究，应从普遍接受的审计假设出发，去演绎出其他命题，建立新的审计理论结构。
最后是审计准则的修订。审计准则是由国家审计部门或会计师职业团体制定的，用以规定审计人员应有的素质和专业技术水平，规范和指导其执业行为，衡量与评价其工作质量的权威性标准。网络经济的出现，使企业的组织形式与交易方式发生变化，也使会计信息处理方式发生变化。“网上实体”、“虚拟公司”的出现，使得会计面临巨大挑战，其对审计的威胁更加不言而喻了。对于这种临时组建、短暂存在的“企业”怎么审？网上传来的财务报表、函证信息是否真实、可靠？被审单位的财务机密是否已被汇露或被篡改？这一系列问题都需要适合网络经济的审计准则来规范和指导注册会计师的执业行为。
1、审计证据取证技术的创新。目前各国为了加强取证的有效性、准确性，提高取证效率，开发了各种相关技术、工具。审计证据的分类发生了变化，主要分为：证询系统对企业资产保护效果或应用系统对数据完整性、安全性的保护措施；摘取评价系统效率、效果、经济性指标的证据；评价系统整体的综合效益的证据和其他为了特定目的或随时产生的审计目标的评价证据。对审计人员来说，现在并不是没有可以提供使用的取证技术，而是如何针对具体的审计目标和系统指标，适当地选择或组织取证技术，诸如利用审计软件，即通过通用或专用的审计软件来检查系统的控制，或者采用测试数据法、平行模拟法等，利用计算机把测试数据送进被审计系统，建立审计模拟系统，运用用户的数据，把它的结果与系统产生的结果进行比较，取得审计证据。
2、采用网上实时审计。网络时代，会计的一个重要发展趋势就是网络会计的运用。网络会计对会计资料进行联机在线处理，实现数据共享，最大限度地减少重复输入和重复计算。数据处理的联机时代，使很多经济业务发生时不再留下手工凭证，使得审计线索大量减少，使传统手工审计方法难以发现问题所在，无法保证审计质量。因此只有实施网上实时审计，才能从根本上解决这一问题。网上实时审计要求会计师有限责任事务所的网络与被审计单位的网络互相联通，直接调用被审单位系统或数据进行审查，借助计算机辅助审计技术，达到审计目的。网上实时审计在网络时代将成为审计发展的一个必然趋势。
3、建立自动化的审计专家系统。专家系统是模仿专家思维活动，进行推理和判断，能像专家那样求解专门问题的计算机程序系统。它把某一领域里被公认的权威专家的经验精选出来，归纳成一定的形式规则。计算机将根据这些知识和形式规则支模仿专家分析问题的方法和解决问题的策略，以求得问题的解答。审计专家系统的建立将给审计工作开辟广阔的前景。计算机审计专家系统能够学习、掌握和传授专业知识，它所聚集的是众多的审计专家的知识和经验，利用它来对审计项目进行评估会获得非常好的效果和高质量。从审计的成本效益分析来看，系统的获益将远远大于建立审计专家系统的投入。在建立系统之后，只需要对注册会计师进行简单的审计培训（主要指导他们学会如何与专家系统配合），然后辅之以审计专家系统，就可以高效率、高质量地完成审计任务。专家系统的另一个优点是它能够保持审计的客观独立性。专家系统是一种以计算机支持的电子设备，它解决问题的唯一依据是专家的知识经验、政策法规和推理机制。因此，只要保证专家系统研制、生产的独立性，从主观上讲，审计专家系统完全能够保持客观、正直和独立的审计态度。审计专家系统无疑为网络时代复杂的审计环境提供强有力的支持。