近几年来，我们在开展效益审计方面进行了一些探索，初步取得了一定的成效。根据实践经验，笔者认为对财政专项资金效益审计应注意以下几方面：
一是审计方案制订要详细全面。审计方案是审计工作实施的具体计划，是审计行动的先导。效益审计是一种综合审计，因此，更需要制定周密细致的审计方案。首先，要明确审计目标和范围。财政专项效益审计不同于以往的财政财务收支审计，不能仅仅局限在财务收支审计思维上，要跳出长期财政财务收支审计模式，在财政财务收支真实、合法性基础上，主要侧重于经济性、效率性、效果性，三者必须统筹兼顾，依此来确定具体的审计目标和范围。其次，要选准切入点，明确审计内容和重点。每一个项目的效益审计侧重点不一样，这就要根据具体目标和审计范围来确定审计重点内容和重要方面，做到突出重点，有的放矢。再次，要选择恰当评价依据和标准，慎重评价审计事项。效益审计的评价依据和标准主要为国家法律和规章、各种计划、定额标准以及各项技术经济指标、社会效果、环境影响等，审计不能局限于项目的完成或立项时的效益预测评估情况等，要全面分析其经济性、效率性、效果性，这些事项都要在审计实施方案中得到具体落实。
二是注重抓审计方法创新，确保审计效果。财政专项效益审计有其自身特点，在审计中要注重运用灵活多样的审计方法。第一，要搞好审计调查。只有在收集了解把握各方面资料的情况下，才能对审计结果作出科学的分析、衡量、评价，特别是对涉及到很多非数量因素的问题，这就需要在审计调查中完成。如了解内部管理运作和内部控制制度情况，单位计划、预算标准、定额技术经济指标社会效果等，来获取审计证据和标准，这样就能够更全面、客观地反映情况和揭示问题。第二，要充分利用财务收支审计，查明审计事项真相。财务审计要作为效益审计的基础，要在查明被审计单位经济活动的真实性和合规性的同时，评价其效益性，使效益审计建立在真实可靠的基础上。第三，要重视综合分析。就同一效益审计事项，在对许多不同的管理部门和单位在全面调查和审计的基础上进行分析、比较，以求较清楚地查明问题和原因，提出解决问题、处理问题的办法和建议，及时反馈给决策部门，促进有关部门及时整改，纠正决策执行中的一些偏差，使效益问题落到实处。
三是有效整合审计资源，确保审计质量和效率。效益审计必须要通过一定数量、质量、效益指标等，将非量化转化为可量化的效益。因此，除财务会计专业人员外，还需要有懂工程、计算机、管理工程、统计分析等方面的专业人才。一是要加强审计内部的力量整合，要打破传统的专业(科室)界线，将审计人才合理搭配，实行优势互补。二是要借助外力，运用部门单位内部审计力量，发挥内审人员熟悉情况的优势。同时还可聘请专业技术人才进行评估，提供带有价值、规律性的资料。三是要积极运用计算机技术审计。效益审计中涉及数据模型、统计抽样等，运用计算机进行辅助审计，可以提高审计工作效率和质量，深化审计成果，有效地整合审计资源，满足效益审计的需要。