自考论文答辩程序跟普通高校毕业生答辩要求相同。在考生论文写作完成后，由主考校统一安排相关学科的教师，组成答辩小组，进行答辩。首先由学生简单介绍自己的论文观点并做简要陈述。然后由答辩小组就论文提问，问题多少因人而异。然后，会给学生留出准备时间。准备完毕，考生需针对老师的提问，一一作答。然后，在考生回避的情况下，由答辩小组集体商议，给成成绩。成绩分为优、良、及格、不及格 四个等级。
一旦答辩成绩没有达到优或良，就不能获得学位。这就要求考在写作阶段认真收集资料，论点要正确，论据要充分，还要了解学科的发展动态。观点新颖，与实践结合紧密的论文最受欢迎。最忌讳生搬硬抄甚至请人代笔，一旦被发现，肯定不能通过。如果感觉时间太仓促，自信心不足，也可以申请随下期一起参加答辩，不影响成绩。只是毕业的时间要受影响。考生进行论文答辩时，需已完成所有规定科目的考试，并且实践环节考核也已经通过。